Unterteilt wird der Yen in Sen (銭, 100 Sen = 1 Yen) und in Rin (厘, 10 Rin = 1 Sen), wobei der Sen wie auch der Rin bereits 1954 aus dem Umlauf genommen wurden. Heute sind sie lediglich von rechnerischer Bedeutung.

Münzen

Die Münzen wurden 1870 eingeführt. Münzen mit einem Nennwert kleiner als 1 Yen wurden am 31. Dezember 1953 ungültig. 1955 wurde der heute noch gültige Typ der 1-Yen-Aluminiummünzen sowie die nicht gelochten 50-Yen-Nickelmünzen eingeführt. 1957 wurden die 100-Yen-Silbermünzen in Umlauf gebracht. Diese wurden 1967 durch die heutige Kupfernickelmünze ersetzt, zusammen mit den gelochten 50-Yen-Münzen. 1982 wurde die erste 500-Yen-Münze eingeführt. Das Datum, ausgedrückt als Jahr der Regentschaft des aktuellen Kaisers, befindet sich auf der Rückseite aller Münzen. Der Name des Landes und der Wert in Kanji sind in den meisten Fällen auf der Vorderseite der Münzen abgebildet. Eine Ausnahme bildet die aktuelle 5-Yen-Münze. Hier befindet sich der Name auf der Rückseite.

Zu zahlreichen Anlässen werden Gedenkmünzen geprägt. Häufig wird für diese Münzen Gold und Silber verwendet, der Nennwert der Münzen beträgt bis zu 100.000 Yen. Die ersten Gedenkmünzen wurden anlässlich der Olympischen Sommerspiele 1964 mit einem Nennwert von 100 und 1000 Yen ausgegebenen. Obwohl diese auch als Zahlungsmittel genutzt werden können, werden sie meist nur als Sammlerstücke betrachtet und befinden sich folglich nicht im Umlauf.

Im Gegensatz zu Münzen anderer Länder ist auf dem Yen nicht das Prägejahr nach dem gregorianischen Kalender abgebildet, sondern das Jahr der laufenden Kaiserherrschaft, eine im Jahr 2009 geprägte Münze hat z. B. das Datum Heisei 21, entsprechend dem 21. Jahr der Herrschaft von Kaiser Akihito.

Die 500-Yen-Münze ist neben dem Schweizer 5-Franken-Stück die wertvollste im Umlauf befindliche Münze. Eine 500-Yen-Münze ist etwa 4,21 Euro, beziehungsweise 4,5 Schweizer Franken wert. Aufgrund ihres Wertes ist die 500-Yen-Münze bei Münzfälschern beliebt. Dem Fälschen der 500-Yen-Münze konnte bisher kein Einhalt geboten werden.

Folgende Münzen sind im Umlauf: